深圳医保账户记账利率由深圳市人民政府根据国家有关规定和当前经济发展情况，不定期进行修正、变动。2019年1月1日开始执行的是“三低一高”利率政策，即个人住院床日基金、门诊大夫出诊费用补助以及已退休省内病例数量考核奖励性交易中的利率都以0.35%为上限；对于集体合同相关的医保往来中，新增代理人回扣和原部要求的意外伤害员工特别加可代理人回扣两项考核奖励性交易利率以2.25%作为上限。
深圳医保账户记账利率是多少？深圳医保账户征收的利率是0.05%，最高不超过4个百分点。
深圳医保账户记账利率调整深圳市医保账户定期存款利率管理办法（试行）正式于2016年3月1日生效。根据《深圳市医保局关于印发定期存款利率调整方案的通告》，以下为新利率表格。
| 存 期 | 存 款 额 | 其他条件 | 普通存款(%) | 私人银行(%) |
| ----------:|-----------------:|--------------------:|---------------------------: |--------------: |
| 1天 | 0 - 4999.99 | - | 0.4% | 2.0% || 3天 / 7天 / 14天 / 21 天 / 28 天 / 90 天 / 180 天 || ≥ 5,000 || 0.5% ││ 1.00 % ‐‐‐‐‐‐‐2.40 % │