机构代码是一个由数字或英文字母组成，由国家统一编制的唯一标识组织机构的编码。它是企业或组织在国内注册或登记时，由国家质量监督检验检疫总局统一颁发的标识码。
二、深圳营业执照中是否有机构代码？深圳营业执照中是含有机构代码的。在深圳注册公司时，必须同时申请机构代码，它是营业执照上的一项基本信息。
三、营业执照机构代码申请流程1、申请材料准备
（1）企业业务营业执照副本；
（2）营业执照副本复印件；
（3）法人代表身份证复印件和正面扫描件，必须和营业执照副本一致；
（4）组织架构及岗位大纲。
注意：
① 登陆 ，选择“企业机构代码申请”菜单；
② 组织架构必须包括企业名称，机构代码，法定代表人，所在地地址等；
③ 完成后，组织架构及岗位大纲应电子提交，以便审核；
④ 企业填写申请表时，应在领域地址中填写所在县区。
2、机构代码申请
（1）企业通过 Internet 进行登录，进入“企业机构代码申请”菜单；
（2）系统审核（时间为13：00至17：30，需等待20-30分钟）；
（3）支付审核费用（50 元/次）；
（4）审核通过后，系统会生成一组 18 位的机构代码，并可打印出申请表。
注意:
① 申请条形码应该拓展至申请表底部，申请表右下角应一致；
② 申请表必须打印并加盖公章；
③ 机构代码发证机关为国家质量监督检验检疫总局；
④ 机构代码是企业组织机构的唯一标识号码；
⑤ 成功申请机构代码的企业可通过 网站进行查询；
⑥ 机构代码分配的有效期为5年。
四、机构代码与营业执照的关系机构代码是营业执照上的一项重要信息，也是公司的法定身份证明，与营业执照一样具有法律效力。机构代码代表企业组织的唯一身份证明，其重要性不可忽视。在公司的日常运营中，机构代码与营业执照需要配合使用，以确保企业在法律指导下合法经营。
五、总结机构代码是国家质量监督检验检疫总局为企业所颁发的一组18位编号，代表着企业组织的唯一身份证明。在深圳注册公司时，一定要同时申请机构代码，只有这样才能在日常经营活动中更好地证明企业的合法性。