济南公司在深圳注册分公司，需要按照规定的流程步骤进行办理，才能顺利完成注册分公司的手续。首先，济南公司需要做好准备工作，收集相关资料，包括：
1、济南公司的营业执照复印件；
2、济南公司的法定代表人身份证复印件；
3、济南公司的经营范围；
4、济南公司的经营期限；
5、济南公司的注册资本；
6、济南公司的股东信息；
7、济南公司的经营地址；
8、济南公司的经营许可证；
9、济南公司的法律顾问函；
10、济南公司的税务登记证；
11、济南公司的组织机构代码证；
12、济南公司的财务负责人身份证复印件；
13、济南公司的授权委托书；
14、济南公司的其他资料；
其次，济南公司需要准备好深圳分公司的名称，并且提交给工商局进行登记，登记完成后，工商局会出具《营业执照》，以及《组织机构代码证》、《税务登记证》等证件。
，济南公司需要提交深圳分公司的财务报表，以及其他财务资料，并且按照规定的时间报送给税务机关，以便税务机关对深圳分公司的税务状况进行审核。
总之，济南公司在深圳注册分公司的流程比较复杂，需要做好准备工作，按照规定的流程步骤进行办理，才能顺利完成注册分公司的手续。此外，济南公司在深圳注册分公司还需要注意以下几点：
1、济南公司需要准备好深圳分公司的名称，并且提交给工商局进行登记；
2、济南公司需要收集相关资料，包括：营业执照复印件、法定代表人身份证复印件、经营范围、经营期限、注册资本、股东信息、经营地址、经营许可证、法律顾问函、税务登记证、组织机构代码证、财务负责人身份证复印件、授权委托书等；
3、济南公司需要提交深圳分公司的财务报表，以及其他财务资料，并且按照规定的时间报送给税务机关；
4、济南公司需要定期更新深圳分公司的营业执照、组织机构代码证、税务登记证等证件；
5、济南公司需要定期向工商局报送深圳分公司的经营情况；
6、济南公司需要定期向税务机关报送深圳分公司的税务状况。
综上所述，济南公司在深圳注册分公司的流程比较复杂，需要做好准备工作，按照规定的流程步骤进行办理，才能顺利完成注册分公司的手续。此外，济南公司还需要注意以上几点，以确保深圳分公司的正常运营。