在深圳注册医疗器械生产公司并不复杂，但是需要注意一些细节和费用。除了工商局的登记注册费用，还需要支付其他辅助费用，如商务挂靠地址和做账报税等费用。另外，需要提供一些相关的材料和证明，如公司设立登记申请书、公司章程、法人股东资格证明或者自然人股东身份证以及代理人身份证等。
在办理注册公司的过程中，可以找一些专业的代办公司来帮助，但是需要注意代办费用是否合理，也需要确认代办公司是否是具有资质的合法机构。如果自己办理，需要确保所有材料齐全、手续正确，避免出现错漏引起的繁琐后续问题。
另外，如果之后有银行开户、开票、做账报税等业务需要办理，涉及到的费用也需要及时了解和核算，避免不必要的损失和麻烦。总之，注册医疗器械生产公司要谨慎操作，避免盲目、轻率办理，需要认真考虑和分析各种情况和费用因素。