深圳两家机构合作注册公司时，需要注意以下几点。
首先，要确保公司名称没有被注册过，这就需要提前进行核名，申请公司名称的时候可以顺便把核名一并完成，这样可以省去中途换名的麻烦。另外还需要准备好公司章程，这是公司运作的基础法规，包含公司的经营范围、股权结构、管理机构等内容，因此需要认真制定。
其次是商务挂靠地址，这是公司的实际经营地址，也是后期税务登记和银行开户的基础。对于初创公司来说，可以选择以住宅地址或者共享办公空间等形式进行商务挂靠，费用会相对较低。
第三，公司必须完成刻章手续，包括公章、法人章、财务章等，这些章的作用是证明公司的身份和资质。在深圳注册公司时，刻章是免费的，但如果需要更换或者重新制作，就需要自费了。
在公司注册完成后，还需要进行做账报税。这个费用根据公司的规模和纳税方式不同而有所区别，一般的小规模企业会选择委托专业的会计师事务所处理财税事务，费用方面可以在2000元左右；而对于一般纳税人或需要复杂财务处理的公司，费用则会更高。
最后是银行开户手续，注册公司后必须开立对公账户，而银行开户是不收费的，但如果需要委托代办公司完成，就需要缴纳跑腿费。此外，银行每年会收取一定的账户管理费，具体费用因银行不同而有所差异。
总体来说，深圳注册公司的费用相对较低，但公司注册过程中还是需要注意费用的透明和清晰，可以预先了解不同公司的收费标准，避免被不合理的收费误导。同时，需要确保所有材料和手续都齐备，否则会延误公司注册的进度。