在深圳注册货代公司并管理好资金流程，需要注意以下几点。
首先，在注册公司时需要提供相应的材料和缴纳相关费用。虽然注册公司的费用一般不高，但需要注意的是，如果找代办公司帮忙代办的话，可能会产生额外的跑腿费用。因此，建议自己去工商局进行注册，以节省成本。另外，在注册公司时还需要注意一些细节，比如核名、商务挂靠地址、刻章等，虽然这些都是小节，但都需要事先了解清楚。
其次，对于货代公司来说，资金流程管理尤为重要。一般来说，货代公司的资金主要来自客户支付的运费以及公司的押金和预付款等。因此，货代公司需要建立起严密的资金管理体系，确保资金的流动性和安全性。
除了资金管理，货代公司还需要注意财务管理。建议货代公司雇佣专业的做账公司，确保公司财务统计准确无误，避免出现漏报或错报等情况，从而避免税务问题的发生。
最后，货代公司需要与银行建立起稳定的合作关系，开设专门的对公账户，并及时缴纳银行账户管理费。如果公司不再运营，需要及时注销银行账户，以免账户欠费导致公司倒闭。
综上所述，在深圳注册货代公司并管理好资金流程，需要注意上述的诸多方面。只有建立完善的管理体系，才能确保公司的正常运营，实现业务的发展目标。