深圳CA证书是一种数字证书，用于在网上办理各种行政审批业务。但是，如果你是一家注册公司并已注册了CA证书，但遇到了这个证书被冒用和恶意注册的问题，该怎么办呢？
首先，你需要向CA中心申请注销该证书，并提供相关证据证明证书被恶意注册。注销CA证书要求提交公司营业执照、印章、法人证件、股东证件等材料，以及写一份注销申请书。CA中心会对此做出审核，并在一段时间后注销CA证书。
其次，你需要及时向公安机关报案，并提供证据材料。公安机关会对此展开调查，并根据调查结果给出处理意见。
最后，为了避免发生类似事件，建议注册公司应该加强信息保护和管理，加强安全技术措施，降低CA证书被冒用和恶意注册的风险。同时，注册公司也应该加强员工的安全意识教育，提高他们自我防范和安全意识，减少安全漏洞。
总之，对于深圳CA证书被注册公司所面临的问题，正确处理方法是注销证书，报案查处，并加强安全意识和管理措施。只有这样，才能保障企业信息的安全和信誉，并避免在日后遭受财产损失和社会影响的风险。