东莞公司注册和深圳公司注册虽然都是在广东省内的公司注册，但是在注册流程、注册费用、政策支持等方面都存在一定的不同点。
首先，在注册流程方面，东莞公司注册流程相对于深圳公司注册流程来说稍微复杂一些。东莞市工商局要求公司注册时必须先在税务局开具《税务登记证》和《组织机构代码证》，否则无法进行公司注册。而深圳市工商局并没有这个严格限制，企业可以在公司注册后再到税务局、组织机构代码管理中心进行相关的办理。
其次，在注册费用方面，东莞公司注册费用相对较低。东莞市政府出台了一些优惠政策，对于一些符合条件的创业企业，可享受注册费用减免至少500元的优惠。而深圳市政府并没有出台这方面的政策。
另外，东莞市政府还推出了“政策性担保贷款”、新企业招聘补贴等一系列政策，对于符合条件的企业给予财务、人才等多方面的支持。相比之下，深圳市政府也有大量的政策支持，但是比东莞市政府的政策略逊一些。
最后，在企业注册升级方面，东莞市政府的支持力度也较大。例如，东莞市政府为支持企业做大做强，推出了“3+X”政策，即对于生产和营销企业，政府在企业注册完成后的前三年内，每年给予10万元的财政支持。而深圳市政府的支持政策相对来说要少一些。
综上所述，虽然东莞和深圳公司注册都是在广东省内的注册，但是从注册流程、注册费用、政策支持等方面来看，两者还是存在一些不同点的。因此，需要企业根据自己的实际情况选择注册地点，制定出更科学合理的发展计划。