在深圳注册公司流程并不复杂，所以费用一般也不高。但对于没有经验的人来说，如果不知道如何注册，那么找代办公司帮助代办需要花费一些跑腿费。
一般注册公司收费在500元左右，而且有些公司还会有优惠活动，让费用更低。但在注册公司之后，还需要做账报税，因此很多公司可能只收取做账报税的费用，并将注册公司视为免费赠送的服务。
除了上述费用，注册公司还需要支付其他费用。例如核名费用通常为0元，商务挂靠地址的费用则需要从900元起。而在深圳，公司刻章是免费的，工商局会直接将单子发给附近的刻章店，通常3小时就能收到，然后再发给企业。但若是要变更公司名称需要换章，那么就需要自己支付相关费用，通常在200-500元之间。
此外，做账报税的收费因公司而异，如果非要给一个准确的价格，通常小规模公司每年需要支付2000元左右的费用，而一般纳税人则可能需要支付5000-6000元的费用。如果需要经常外出处理事务，或者需要开票，那么费用会更高一些。
银行开户是不收费的，但如果需要找代办公司帮忙，则需要支付跑腿费，因为开户手续比较繁琐，需要花费时间和精力，而且很多时候也不能一次性解决。对公户开好之后，银行每年会收取一个账户管理费，不同银行定价标准也会不同，一般是几百块钱。
最后，注册公司所需材料包括公司设立登记申请书、公司章程、法人股东资格证明或自然人股东身份证及其复印件、代理人身份证及其复印件、以及住所使用证明。如果公司不再需要运作，则需要注销掉银行账户，以免产生欠费。
总的来说，代理注册深圳分公司需要的费用并不高，但在找代办公司进行代办时，需要注意是否真的需要他们的帮助，避免多余费用的浪费。