在选择注册公司所在城市时，我们需要综合考虑城市的经济发展水平、政策扶持力度、人力资源等因素。首先要考虑的是经济发展水平，因为城市的经济水平越高，企业发展空间也越大。其次要考虑政策扶持力度，即当地政府对企业的红利和优惠政策，这将直接影响企业的发展和运营成本。同时，城市的人力资源也是一个重要的考虑因素，优秀的员工队伍可以提高企业的竞争力。
从市场规模来看，上海是中国的经济中心，具有非常强的市场吸引力和国际化程度，自贸区的政策等也是各种资源的高度集聚。此外，上海拥有完善的产业链，优越的地理位置和先进的物流设施，可以为企业提供良好的外部环境。但是，上海的经济发展水平与生活成本较高，需要公司有更大的开支。
而深圳则是中国改革开放的先行地和科技产业发展的重要基地，在中国拥有广阔的市场、便捷的运输网络和平稳的营商环境，而且深圳目前正大力发展“科技创新中心”，政府也采取了多重政策措施鼓励企业创业发展。深圳的发展速度较快，生活成本相对较低。
因此，对于不同类型的企业来说，选择适合的城市是非常重要的。如果企业注重发展速度，具有较强的创新能力和有限的人力、财力，那么深圳可能是更好的选择；如果企业注重市场规模、行业发展和国际化程度，更情愿面对高的成本和更严格的管理，则上海是一个不错的选择。
总之，不同城市之间的差异和优势各不相同，企业注册公司时需要仔细比较，根据自身的需求和情况来做出判断。