东莞和深圳是珠三角地区的两个城市，都是中国的经济发达城市，拥有各自独特的产业特色和区位优势。很多企业在选择注册公司的时候会面临选择东莞还是深圳的问题。本文将从多个方面对两个城市的优劣进行分析比较。
首先，从产业结构上来看，东莞是一个以制造业为主的城市，尤其是电子、玩具、服装等领域，具有极强的产业链优势。如果是从事这些行业的企业，选择在东莞注册公司将会更有优势。而深圳则以高科技产业为主，很多平板电视、手机等电子产品都是在深圳生产，因此如果你的企业从事高新技术行业，选择在深圳注册公司会更加合适。
其次，从政策的角度来看，东莞和深圳都有各自的优势。在东莞，对外资企业的扶持力度比较大，政府会给予税收优惠等支持政策，对于希望吸引外资的企业来说，注册公司在东莞会更有优势。而深圳则非常重视知识产权，针对科技型中小企业，政府会给予各种支持，包括资金扶持、知识产权保护等方面，这对于科技型企业来说是非常有吸引力的。
另外，从区位和交通的角度来看，深圳是一个更加开放的城市，港口和机场发达，方便企业的进出口。此外，深圳也是中国和东南亚之间的一个“桥梁”，连接着珠三角和全国各地，因此如果企业需要国际化的业务拓展，注册公司在深圳将更加有利。而东莞则位于珠江三角洲南部，毗邻广州和深圳，地理位置比较优越，如果企业是本地市场为主，注册公司在东莞也非常合适。
最后，我们需要考虑的是成本问题。注册公司的费用不仅仅是政府收取的一些税费，还包括代办公司费用、银行开户费用、做账报税等费用，这些费用会对企业的负担造成一定的影响。在这方面，深圳的代办费用相对较高，东莞的代办费用相对较低，具体费用因公司和不同服务方而异，需要具体情况具体分析。
综上所述，无论选择在东莞还是深圳注册公司都有各自的优势和劣势。企业应当根据自身的情况，选择最适合自己的地方。同时，在选择代办公司的时候，也应当考虑到代办费用和服务质量，选择好的代办公司能够为企业节省不少时间和费用。