在深圳注册公司流程并不复杂，费用一般也不高，但是还是有一些需要注意的问题。首先，注册公司需要准备的材料包括公司设立登记申请书、公司章程、法人股东资格证明或自然人股东身份证及其复印件、代理人身份证及其复印件以及住所使用证明。需要注意的是，这些材料需要准备齐全，否则审核不通过。
除了材料准备，注册公司还需要注意一些费用问题。一般而言，注册公司收费在500元左右，有的公司可能会有优惠活动。但是，注册公司并不会直接向工商局缴纳费用，而是很多人不知道如何注册，找代办公司帮忙代办的跑腿费。
在注册公司过程中，还需要注意商务挂靠地址和刻章的问题。商务挂靠地址是指在注册公司时，需要提供一个办公地址，而不是真实的办公地址，这就需要通过商务挂靠服务获得。商务挂靠地址收费一般在900元起/年。
刻章是注册公司必须要做的事情，但是好在深圳市工商局会直接把单子发给附近的刻章店，大概3个小时就能收到，然后再发给企业。但是如果是更换章，就需要自己付费了，价格一般在200-500元不等，主要是看换章的数量。
除此之外，注册公司还需要做账报税，这是比较麻烦的环节，不同公司的收费也不一样。一般的做账公司，小规模公司每年的费用在2000元左右，一般纳税人的公司记账报税费用一年大约为5000-6000元，而需要开票或经常外出处理事务的公司，价格会更高一些。
银行开户也是注册公司需要注意的问题之一，去银行开户是不收费的，但是如果找代办公司帮忙，会收取跑腿费。银行每年会收取一个账户管理费，不同银行的定价标准也不一样。
最后，如果公司不做了，要注销掉，银行账户也要记得一并注销，以免产生欠费。总之，在注册深圳公司之前，需要仔细考虑清楚所有问题，以免出现意外情况。