在深圳被拆迁的房屋注册公司并合法经营，需要注意很多事项。首先，深圳注册公司流程并不复杂，费用也不高。不过，很多人由于不知道怎么注册，就找代办公司帮忙代办，导致费用居高不下。一般来说，注册公司收费在500元左右。注册公司之后，还需要做账报税，因此一些公司只收取做账报税的费用，而注册费用会赠送。
除了上面提到的费用，注册公司还包括核名、商务挂靠地址、刻章、做账报税、银行开户等。其中，核名是免费的，商务挂靠地址的费用是在900元以上。刻章是免费的，不过如果是更改公司名称需要换章，就需要自己付费。做账报税的收费因公司而异，一年的费用在2000元左右，一般纳税人会更高。
银行开户是不收费的，不过找代办公司帮忙代办，可能会收取一些跑腿费。对公户开好之后，银行每年会收取一个账户管理费，数额不一。如果公司不再运营，需注销掉银行账户。
注册公司需要准备的材料包括公司设立登记申请书、公司章程、法人股东资格证明或者自然人股东身份证及其复印件、代理人身份证及其复印件、住所使用证明等。
总的来说，注册公司的过程需要注意费用和材料，但并不复杂。如果能够了解到这些费用和流程，注册公司也不会成为难事。