在深圳注册日本公司的流程，需要准备的文件和费用都不会太高。其中，最主要的费用是注册公司的费用，一般价格在500元左右。如果遇到优惠活动，价格可能会更便宜。注册公司后，还需要做账报税，这个费用各个公司都没有统一价，需要根据具体情况而定。为了开设银行账户，需要提供相关的资料和信息，并且还需要耗费时间和精力。
首先，注册公司需要准备的文件有公司设立登记申请书、公司章程、法人股东资格证明或者自然人股东身份证及其复印件、代理人身份证及其复印件、住所使用证明等。在准备这些文件之前，需要先确定公司的名称，这一步是免费的。
其次，商务挂靠地址是需要费用的，价格在900元起/年。在注册公司的时候，需要提供一个可以挂靠的地址，但并不是所有地址都可以支持注册公司。因此，需要找一家专业的商务挂靠公司来提供支持。
第三，刻章是可以免费的。在深圳注册公司的时候，工商局会直接把单发给附近的刻章店，大概需要三个小时就能收到，并且再发给企业。如果需要更改公司名称并且要换章，就需要自己出钱了，价格在200-500元之间。
第四，做账报税的费用根据公司的规模和需要而定，一般小规模的公司一年需要2000元左右，而一般纳税人需要5000-6000元左右。如果需要经常出差或外出处理事务，费用可能会更高。
最后，银行开户是免费的，但如果需要找代办公司帮忙，可能会收取跑腿费。开户需要提供相关资料和信息，并且需要耗费时间和精力。在拥有银行账户之后，每年还需要支付账户管理费，价格根据不同银行而异。
总的来说，在深圳注册日本公司的流程并不复杂，需要准备的文件和费用都不太高。希望上面的信息可以帮助到需要注册公司的人。